海关稽查，是指海关自进出口货物放行之日起3年内或者在保税货物、减免税进口货物的海关监管期限内及其后的3年内，对被稽查人的会计帐薄、会计凭证、报关单证以及其他有关资料和有关进出口货物进行核查，监督被稽查人进出口活动的真实性和合法性。
海关稽查并不以企业违法为前提
海关对从事进出口活动的企业，进行稽查是海关监督进出口活动的真实性和合法性的一项法定职权，并不代表被稽查人存在违法情事。稽查过程实际上也就是对企业进出口贸易行为的全面体检，帮助企业规范内部管理，从而更加规范和高效率的从事进出口活动。
以常规稽查的对象选取为例，年度常规稽查中就有超过3年未实施稽查或核查的企业。
与进出口活动直接有关的企业≠ 直接从事进出口活动的企业
比如，一些企业自身并没有直接进口减免税货物，只是通过报关企业代理进口，但作为减免税进口货物的使用单位，仍然属于《稽查条例》规定的被稽查人范围，海关可以对其开展稽查，适用海关稽查程序。
此外，有些没有直接进出口活动的企业，如果与被稽查人有财务往来或者其他商务往来，海关也可以根据《稽查条例》规定不制作《稽查通知书》，直接对该企业进行一般性的查询、调取单证和资料。这一类企业也应当向海关如实反映被稽查人的有关情况，提供有关资料和证明材料。
实施稽查的对象包括哪些?
一是从事对外贸易的企业、单位;二是从事对外加工贸易的企业;三是经营保税业务的企业;四是使用或者经营减免税进口货物的企业、单位;五是从事报关业务的企业;六是海关总署规定的从事与进出口活动直接有关的其他企业、单位。
海关稽查是海关后续监管的主要力量
6月1日起全国通关一体化改革在上海率先启动试点。此次改革试点实施“一次申报、分步处置”的通关管理模式，企业可一次性办理货物申报纳税手续，海关第一步在口岸确定是否查验，排除安全准入风险后，货物可先予放行，海关第二步开展涉税申报要素批量审核，通过稽核查等手段监督税收入库。
全国通关一体化全面实现后，企业可以任意选取一个海关进行申报，并自报、自缴税款，通过海关的安全准入风险排查后，货物即可在口岸放行，海关在放行后实施报关单批量审核、后续稽核查等。
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